Thành phố Guatemala được thành lập năm 1776 với vai trò là thủ đô thứ ba của đất nước này. Thủ đô đầu tiên, Ciudad Vieja, được thành lập gần đó năm 1527 đã bị lũ lụt và núi lửa phá huỷ năm 1541. Thủ đô thứ hai, hiện có tên là Antigua Guatemala cũng nằm gần đấy, hầu như bị phá hủy trong trận động đất năm 1773. Dưới thời cai trị của Tây Ban Nha, Thành phố Guatemala đã phát triển thành một thành phố chính của Trung Mỹ. Sau khi đất nước giành được độc lập từ Tây Ban Nha năm 1821, thành phố này đã từng là thủ đô của Các tỉnh Nam Mỹ thống nhất (1823-1834). Đây là một liên bang các bang bị giải tán giữa 1838 và 1840.

Thành phố Guatemala được xây lại sau trận động đất năm 1917 và 1918. Những phần phía Bắc của thành phố lại bị hư hại nặng trong trận động đất nặng năm 1976 và các toà nhà mới được xây lại tại phía Nam của thành phố. Dân số năm 2001 là 1.022.000 người.